Existem alguns comandos úteis que permitem reconfigurar alguns componentes do Debian ou até a distro inteira (como no primeiro boot). Segue abaixo uma pequena lista:

• apt-setup: Permite reconfigurar os repositórios APT, é a mesma interface carregada no primeiro boot;
• dpkg-reconfigure [pacote]: Efetua a reconfiguração de um pacote já instalado. Para isso, ele utiliza a mesma interface de configuração que é exibida quando um pacote é instalado (e se for aplicável ao pacote);
• base-config: Permite efetuar a configuração do sistema base do Debian com opções como Linguagem, Timezone, usuários e senhas, hostname, apt (o mesmo do apt-setup), instalar pacotes (necessita do pacote base-config instalado).

Bem, pra quem já teve problemas no Xwindow e não sabia exatamente o que executar para reconfigura-lo (eu gostava do Xconfigurator do RedHat :) ), pode executar o comando:

# dpkg-reconfigure xserver-xfree86